W Zakładzie prowadzone są trzy specjalności dla studentów stacjonarnych II stopnia, w ramach których wykonywane są prace dyplomowe magisterskie. Są to:
- Technologia leków i pestycydów
- Technologii lekkiej syntezy organicznej
- Kontrola jakości produktów przemysłu organicznego
Nauczyciele Zakładu Syntezy Organicznej i Technologii Leków prowadzą też prace dyplomowe w ramach innych specjalności realizowanych w Instytucie Technologii Chemicznej Organicznej, takie jak: Technologia Środków, Pomocniczych i Kosmetyków oraz Technologii Organicznej
Od 1992 roku w Zakładzie prowadzone są również prace dyplomowe inżynierskie na kierunku Ochrona Środowiska, oraz prace magisterskie na specjalności Analityka w Ochronie Środowiska.
